Después de gastar horas y horas de tiempo, tratando de determinar por qué, algunos sitios con Transbank no funcionaban, luego de migrarlos a un nuevo servidor con CentOS 6.5, decidí postearlo aquí, por si a alguien le es útil:

Los errores, en concreto, son:

Y, en realidad, no con cualquier script cgi, sino, sólo con algunos.

Investigando, me di cuenta que, no eran scripts x64, sino x86:

Eso me dio una pista.

Después de varias horas más, di con la solución:

En realidad, parte de la “culpa” es del cliente, por utilizar los binarios x86 de Transbank, en vez de los x64 (Aunque, puede que, cuando los empezó a usar, estaba en una máquina x86)